2016-й станет дебютным для появления Апокалипсиса в фильмах, где мультипликация чередуется с игрой актёров, и 30-й годовщиной его появления в комиксах «Люди Икс» (это произошло в мае 1986 года). После событий предыдущей части серии прошло некоторое время. Мутанты продолжают не только совершенствовать свои навыки, но и выполняют одну из самых важных задач — учатся жить в мире людей.
События «Дней Минувшего Будущего» оказали колоссальное влияние на мир, где мутанты и люди борются за свое место под Солнцем. В это нелегкое время Людям Икс предстоит столкнуться со своим самым опасным противником — древним мутантом Апокалипсисом, существом, схватка с которым может стать последней не только для мутантов, но и в принципе для всего человечества. В поисках способа победы над неуязвимым и бессмертным монстром Людям Икс предстоит узнать больше о происхождении своего вида. Но Апокалипсис неимоверно силен, и вероятность победы все уменьшается, ведь он твердо убежден, что только сильнейшие имеют право на выживание…